Después de esta derrota, consiguió clasificar al Mundial de Alemania de 2006, como segundo con 34 puntos, igual que Brasil pero con menor diferencia de gol y, de la mano de jóvenes promesas que Pekerman dirigió en juveniles -como Tévez, Saviola, y Riquelme entre otros- Argentina creó grandes expectativas. En los últimos dos partidos contra la eliminada Venezuela y la clasificada Ecuador, en donde golearían a la primera con goles de Nicolás González, Ángel Di Maria y Lionel Messi y empatarían con tono de derrota contra Ecuador con gol inicial de Julián Álvarez y un gol a final del partido con un penal controversialmente otorgado por Enner Valencia, finalizando la eliminatoria en segundo lugar, alejado de Brasil por 6 puntos y separado de los demás rivales por más de 10 puntos.